Gustav Vasas kyrkliga neutralitet
Biskop Brask skrev brev til Gustav Vasa, där han krävde att inkvisitionen skulle införas i Sverige och alla som stödde de reformatoriska idéerna avrättas. Biskopens blodtörst ledde till en konflikt med Gustav, som lät stänga biskopens boktryckeri i Söderköping. Boktryckeriet hade biskopen anlagt som svar på Gustavs uppmaning att bekämpa de reformatoriska idéerna, med motpropaganda i stället för att döda deras anhängare. Men böckerna var alltför provokativa.
Gustav ville inte ta ställning i den kyrkliga lärostriden, och förespråkade alltså "fredlig samesistens" mellan katoliker och lutheraner, tills lärostriden hade avgjorts genom ett fritt koncilium. Gustav stödde alltså den linje, som förespråkades av den österrikiske kejsaren, som vill hålla ihop sitt kejsardöme, som bl.a. omfattade hela Tyskland. Kejsaren var katolik och räddade 1527 påven Clemens VII, sedan franska trupper invaderat Italien.
Sedan Danmark övergått till den lutherska läran, hade Sverige ännu inte gjort det, utan Gustav försökte fortfarande upprätthålla statens neutralitet i den kyrkliga striden. Detta fick egendomliga konsekvenser, när biskop och domkapitel i vissa stift inte var överens. I vissa stift utdömdes böter för prästernas utomäktenskapliga förbindelser; i andra stift fick de gifta sig. Laurentius Petri, som var ärkebiskop från 1531, ville genomföra liturgiska reformer, men det djupt konservativa domkatitlet i Uppsala bromsade. Vid mitten av 1520-talet hade detta domkapitel, med kungens stöd, valt den påvliga nuntiern Johannes Magnus till ärkebiskop, men påven förhalade godkännandet.
Sedan Danmark övergått till den lutherska läran, hotade de tyska furstendömen, som övergått till den lutherska läran, Sverige med krig, om inte kungen tog ställning för den lutherska läran. Gustav förberedde sig för krig, och rustade kraftigt, samtidigt som han utvecklade de diplomatiska förbindelserna med kejsaren, som också förberedde sig för krig mot de lutherska furstendömena i Nordtyskland.
En av kejsarens främsta ämbetsmän, Conrad von Pyhy anställdes som rådgivare åt den svenske kungen. Pyhy lyckades med det, som Brask hade misslyckats med, nämligen att få de ledande reformatorerna Olaus Petri och Laurentius Andreae till döden. Men proteststormen blev för stark, och kungen tvingades frige dom mot en hisklig lösensumma. Olaus Petri löstes ut av Stockholms stad. Pyhy lyckades också införa kunglig diktatur av kontinentaleuropeiskt snitt. Men Gustav pressades hårt av den inre splittringen och krigshotet, Först gick han med på lutheraneras krav på en liturigisk reform, för att några månader senare gå med på katolikernas krav att stoppa den liturgiska reformen.
Ett av Dacke-upprorets mål var förvisso att återgå till de katoska seder och bruk, som biskop Henrik i Linköping avskaffat, men upproret stöddes av Danmark och de tyska lutheranerna. Och deras syfte var att destabilisera Sverige. Någon isolerad katolsk enklav i Småland hade det inte blivit, om Dacke hade lyckats. Men Dacke-upprorets följder blev att katolicismen i Sverige ytterligare försvagades. 1540-talet blev ett årtionde, då Nord- och Sydeuropa gick olika vägar.
Kejsaren hade under åratal velat sammankalla ett fritt koncilium för att avgöra lärostriden. Kejsarens krav var rimligt, med tanke på kyrkans politiska makt. Men konciliet blev varken fritt eller sammankallat av kejsaren. Lutheranerna, som var part i målet, blev inte ens inbjudna. Det var påvlig marionetteater för hela slanten. Än en gång svek påven det fortfarande övervägande katolska Sverige.
Gustav Vasa pressades allt hårdare att själv ingripa i kyrkan. Han gjorde ett försök att ersätta ärkebiskopen med en profan kyrkochef, den s.k. superintendenten Georg Norman. Men ärkebiskop Laurentius Petri red ut den stormen, och han vann också striden om nattvarden, Jesu verkliga närvaro i brödet och vinet. Ärkebiskopens eget liv blev en vandring från reformator till bevarare av det som räddas kunde av medeltidskyrkan.
Den av ärkebiskopen skrivna Kyrkoordningen 1571 hade som syfte att bryta den svenska kyrkans isolering, men fick närmast motsatt effekt p.g.a sekteristiska nyordningar inom den katolska kyrkan.
Påvarnas politik, att återvinna Nordueropa med krig, mord och tortyr (inkvisitionen) kom att leda till en allt värre splittring av det österrikiska kejsardömet, som var påvedömets bästa bundsförvant på den politiska och militära arenan. Med ett allt värre splittrat Tyskland ,och därmed försvagat Österrike, kom den i grunden påve-fientliga franska monarkin att bli den ledande statsmakten inom den katolska delen av Europa. Den svenske kungen Gusta II Adolfs s.k. religionskrig mot de tyska katolikerna under 1600-talet finansierades som bekant av det katolska Frankrike under ledning av kardinal Richelieu.
Påvedömet blev offer för myten om sin egen ofelbarhet.
Genom processen mot reformatorerna Olaus Petri och Laurentius Andreae förhindrades att Svenska kyrkan på nytt blev en politisk maktfaktor, I stället blev kungen kyrkans överhuvud. Som en besökande katolik under 1700-talet så träffande förklarade det: "I Sverige är kungen påve." Avskaffandet av det kungliga enväldet under 1800- och början av 1900-talet medförde att överhögheten över kyrkan överflyttades på regering och riksdag. Genom riksdagsreformen 1866 miste prästerna sin självklara riksdagsrepresentation, med följd att Svenska kyrkan alltmer kommit i händerna på profana politiker.